Quan hệ hợp tác khoa học Nga - Việt phát triển ổn định và dựa trên cơ sở vững chắc là các lĩnh vực hai bên cùng quan tâm, chủ yếu là vật lý, khoa học vật liệu, sinh học, sinh thái học, hóa học và y học. Nền tảng chính cho sự hợp tác này là Trung tâm Nghiên cứu khoa học và Công nghệ Nhiệt đới chung Nga - Việt, với vị thế đặc biệt đã được khẳng định trong Tuyên bố chung về việc tăng cường hơn nữa quan hệ đối tác chiến lược toàn diện, được thông qua sau cuộc hội đàm giữa lãnh đạo Nga và Việt Nam vào tháng 6 năm 2024.
Hiện nay, hai bên đã phê duyệt Chiến lược phát triển Trung tâm Nhiệt đới đến năm 2035 và Chương trình 5 năm về nghiên cứu khoa học và ứng dụng trong các lĩnh vực khoa học vật liệu nhiệt đới, sinh thái học, y học và công nghệ sinh học. Có khoảng 60 tổ chức nghiên cứu của Nga tham gia vào việc thực hiện các chương trình này, bao gồm cả các tổ chức trực thuộc Bộ Khoa học và Giáo dục đại học Nga, Cơ quan Giám sát Liên bang về bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng và phúc lợi con người (Rospotrebnadzor) và Trung tâm Nghiên cứu khoa học Quốc gia “Viện Kurchatov”.
Một trong những lĩnh vực truyền thống trong hợp tác khoa học song phương là các nghiên cứu về biển đầy triển vọng. Từ năm 2018, các chuyên gia Nga và Việt Nam đã thường xuyên công tác trong các chuyến thám hiểm chung trên các tàu nghiên cứu khoa học “Viện sĩ Oparin” và “Viện sĩ Lavrentiev”. Để đảm bảo sự phát triển mang tính hệ thống của lĩnh vực này, Lộ trình hợp tác nghiên cứu khoa học biển giai đoạn 2026–2035 đã được ký kết vào ngày 11 tháng 12 năm 2025. Văn kiện này đưa ra những định hướng rõ ràng cho việc lập kế hoạch các hoạt động thám hiểm trong thập kỷ tới.
Một dấu mốc quan trọng khác là việc chuyển giao tàu nghiên cứu “Giáo sư Gagarinsky” của Nga cho Trung tâm Nhiệt đới vào tháng 5 năm 2025. Như biểu tượng cho sự tôn trọng và tình hữu nghị, phía Việt Nam quyết định giữ nguyên tên tàu là Yuri Vladimirovich Gagarinsky, theo tên của nhà hóa học Liên Xô kiệt xuất, nhà tổ chức khoa học vĩ đại và thành viên thông tấn của Viện Hàn lâm Khoa học Liên Xô.
Công tác nghiên cứu đã được bắt đầu ngay sau khi con tàu được chuyển giao. Trong suốt hành trình từ Vladivostok đến Hải Phòng, các nhà khoa học đến từ hai nước đã tiến hành các nghiên cứu chung trên Thái Bình Dương và thực hiện khảo sát tại 30 trạm quan trắc. Vào năm 2026, tàu “Giáo sư Gagarinsky” sẽ một lần nữa ra khơi thực hiện khảo sát biển nhằm nghiên cứu toàn diện tình trạng sinh thái của vùng biển ven bờ Việt Nam.
Nền tảng cho hợp tác khoa học tiếp tục là cơ chế tài trợ ngang bằng. Ngày 10 tháng 5 năm 2025, trước sự chứng kiến của lãnh đạo Nga và Việt Nam, Bộ trưởng Bộ Khoa học và Giáo dục đại học Nga V.N. Falkov và Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam Nguyễn Mạnh Hùng đã ký kết thỏa thuận về việc tổ chức các cuộc thi nhằm tuyển chọn dự án nghiên cứu khoa học chung. Thỏa thuận này thiết lập cơ chế bền vững trong việc hỗ trợ nghiên cứu song phương về các lĩnh vực khoa học tự nhiên và khoa học nhân văn. Các dự án đầu tiên được tuyển chọn theo cơ chế này sẽ được triển khai trong giai đoạn 2026-2028.